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Jörn Dengjel erhält Feodor Lynen-Forschungsstipendium für erfahrene Wissenschaftler

Im Rahmen seiner Forschungsarbeiten zum Thema „Compartmentalization of the mammalian cytosol“ hat Prof. Jörn Dengjel ein Feodor Lynen-Forschungsstipendium für erfahrene Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler erhalten. Das Stipendium der Alexander von Humboldt-Stiftung ermöglicht überdurchschnittlich qualifizierten Wissenschaftlern aus Deutschland langfristige Forschungsaufenthalte im Ausland.

Dengjel ist ehemaliger Fellow der FRIAS School of Life Sciences – Life Net und Professor am Zentrum für Biosystemanalyse (ZBSA) der Universität Freiburg. Zudem ist er einer der vier Freiburger Fellows des FRIAS Forschungsschwerpunktes „Membrantransport im Alter und in Krankeheit“, der für das akademische Jahr 2015/2016 ausgewählt wurde. Seinen Forschungsaufenthalt im Rahmen des Feodor Lynen-Stipendiums wird Dengjel an der Carnegie Mellon University in Pittsburgh, Pennsylvania verbringen. Dort wird er gemeinsam mit Prof. Robert Murphy forschen, der ebenfalls Fellow am FRIAS ist.

 

Abstract des Forschungsprojektes

 

Compartmentalization of the mammalian cytosol

The eukaryotic cytosol is not an amorphous “protein soup” but harbors highly organized multimeric protein complexes. We have generated quantitative mass spectrometry (MS)-based proteomics data identifying cytosolic protein complexes and characterizing their regulation in oncogene induced cell transformation. With the help of the Feodor Lynen Fellowship of the Alexander von Humboldt Foundation we aim at generating bioinformatics approaches to link our quantitative proteomics data to complementary imaging data. The goal is to generate parameterized cell organization models describing spatiotemporal dynamics in the cytosolic organization of macromolecular protein complexes using oncogenic cell transformation as a model.

The dynamics of macromolecular protein complexes in reversible oncogene expression and their stoichiometry is studied using a new approach relying on stable isotope labelling by amino acids in cell culture (SILAC) and size-exclusion chromatography (SEC)-protein correlation profiling (PCP). This data will be linked to high throughput 4D imaging data to identify new cytosolic protein complexes and to develop parameterized cell organization models. Hence, by constructing generative, predictive models of subcellular organization we address basic biological as well as applied clinical questions in tumour progression. The newly generated tools will shed light onto the organization of the cytosol and will allow for rapid in silico hypothesis testing for identifying possible points of intervention to be used in anti-cancer therapies.

 

12/2014