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Team um LifeNet-Direktor Jens Timmer gewinnt DREAM6 Challenge

LifeNet-Direktor Prof. Dr. Jens Timmer hat gemeinsam mit drei seiner Mitarbeiter die DREAM6 Challenge gewonnen. Die Freiburger Systembiologen, die zum ersten Mal an dem Wettbewerb teilnahmen, konnten sich gegen 18 weitere Teams durchsetzen. Allen Gruppen lag die Struktur von drei simulierten Genregulations-Netzwerken vor. Aus diesen sollten sie entweder mittels neuer Methoden oder vorhandener Verfahren die Parameter bestimmen, die die Dynamik des Netzwerkes steuern. Außerdem sollten die Teams vorhersagen, welche Auswirkung Störungen des Systems haben.
DREAM steht für “Dialogue for Reverse Engineering Assessments and Methods”. Hauptziel des Wettbewerbs ist es, die experimentelle und theoretische Forschung auf den Gebieten der Zellbiologie, Systembiologie und Bioinformatik noch stärker als bisher zu verbinden. Dazu stellt der Wettbewerb ganz grundsätzliche Fragen: Wie gut können Wissenschaftler die Qualität ihrer Methoden abschätzen, mit denen sie Netzwerke aus interagierenden Molekülen in biologischen Systemen mathematisch beschreiben? Und wie gut sind die Vorhersagen für künftige, noch nicht vollzogene Experimente? Die Antworten auf diese Fragen sind keineswegs trivial. Forscherinnen und Forscher verwenden eine Vielzahl verschiedener Algorithmen um die Struktur eines biologischen Netzwerks abzuleiten oder um vorherzusagen, wie sich Systeme unter veränderten Bedingungen verhalten. Zwar wird die Leistungsfähigkeit der Methoden unter standardisierten Voraussetzungen immer getestet, für eine objektive Bewertung der Stärken und Schwächen unter den nicht perfekt kontrollierbaren Bedingungen biochemischer Experimente fehlen jedoch meist noch objektive Kriterien. Die Ergebnisse der DREAM Challenge erlauben eine solche objektive Bewertung und das Abschneiden des Freiburger Teams zeigt, dass die etablierten Methoden zur Parameterschätzung effizient funktionieren.
Die DREAM Challenge gilt als weltweit einzigartiger Wettbewerb auf dem Gebiet der systembiologischen Modellbildung. Er wird veranstaltet vom  IBM Computational Biology Center und dem Columbia University Center for Multiscale Analysis Genomic and Cellular Networks.